Việc phân loại bút đánh dấu dựa trên đầu bút của chúng. Thông thường, bút đánh dấu có thể được chia thành đầu nhỏ và đầu rộng.
Nét vẽ của bút đánh dấu đầu mịn tương đối cứng và sắc nét, màu sắc đồng đều. Chúng chủ yếu được sử dụng để phác thảo và vẽ các chi tiết nhỏ, chẳng hạn như các vùng giống như dấu chấm và dạng đường.
Đầu bút của bút đánh dấu đầu rộng có dạng phẳng và vuông, đây là loại đầu bút cổ điển dành cho bút đánh dấu. Các nét vẽ tương đối mềm mại, màu sắc phong phú và đầy đủ, có thể tạo ra các họa tiết có họa tiết dạng hạt. Do có nhiều sự thay đổi về góc của phần đầu bút nên các biến thể nét được hình thành bởi đầu bút là tương đối đáng kể. Do đó, chúng chủ yếu được sử dụng để tô màu và phủ màu.
